Thema:
Der Schwerpunkt des Museums liegt auf dem Gebiet der Archäologie. Durch die Ausgrabungen im Bereich des Rhein-Main-Donau-Kanals kann nun eine lückenlose Besiedlungskontinuität vom Neandertaler des Altmühltals bis zur Stadterhebung Kelheims gezeigt werden. Die Präsentation der Geschichte des Raumes Kelheim erfolgt in 8 Inseln einer Vitrinenlandschaft. Orginalfunde werden durch Pläne der Ausgrabungen, graphische Rekonstruktionen und durch Modelle ergänzt. Illustrationen verdeutlichen, wie unsere Vorfahren vor 80.000 Jahren auf Mammutjagd gingen, vor 20.000 Jahren Werkzeuge fertigten oder vor 3.500 Jahren Bronze gossen. Die Rekonstruktion einer Grabkammer aus Riedenburg-Haidhof weist auf das Totenbrauchtum vor 2.600 Jahren hin. Modelle der ersten Häuser der Menschen (Dorf) und der gewaltigen Stadtanlage des keltischen Oppidums Alkimoennis auf dem Michelsberg (Befreiungshalle!) sowie der Vorstadt von Kelheim zur Zeit Karls des Großen schildern die allmähliche Entwicklung unserer Stadt.
Die Stadtgeschichte steht unter dem Thema Kelheim - Stadt am Fluss. Im 13. Jahrhundert von den Wittelsbachern in das Hochwassergebiet hineingebaut, bestimmte die Lage zwischen Donau und Altmühl die Stadt und das Leben ihrer Bewohner. Fischer und Schiffsleute werden bereits um 1300 genannt. Im 14./15. Jahrhundert dürfte hier eine große Schopperwerkstadt bestanden haben. Der Name der Stadt wurde sogar auf einen bestimmten Schiffstyp übertragen; unter einem Kelheimer verstand man immer das größte Schiff (42m) eines Schiffszuges auf der Donau. Die stadtgeschichtliche Abteilung zeigt außerdem, wo und wovon die Kelheimer lebten, welche Handwerke sie ausübten und was man bis ins 19. Jahrhundert exportierte.